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在多肽化學領域，合成方法的選擇直接決定了產物純度、合成效率、操作復雜度及適用場景。目前主流的多肽合成技術分為固相多肽合成（Solid-Phase Peptide Synthesis, SPPS）與液相多肽合成（Solution-Phase Peptide Synthesis, LPPS）兩大路徑。盡管兩者目標一致——高效構建特定氨基酸序列的多肽鏈，但在反應機制、工藝流程、設備依賴及產業化適配性等方面存在顯著差異。本文將從原理、操作流程、優劣勢、適用范圍及儀器支持等維度，對二者進行系統性對比。
固相合成（SPPS）由Merrifield于1963年提出，其核心是將多肽鏈的C端共價連接到不溶性高分子樹脂上。所有后續氨基酸的偶聯、脫保護、洗滌等步驟均在固載狀態下完成。反應完成后，通過強酸裂解將目標多肽從樹脂上釋放。
液相合成（LPPS）則是在均相溶液中進行，每一步偶聯后需通過萃取、結晶、沉淀或色譜等手段分離目標中間體，再進行下一步反應。整個過程類似于傳統有機合成，所有反應物和產物均處于溶解狀態。
SPPS因其“固定底物、流動試劑”的特點，天然適合高度自動化。多肽合成儀通過程序控制試劑輸送、反應時間、溫度與沖洗次數，可連續完成數十個循環而無需人工干預。尤其在Fmoc策略下，溫和的堿性脫保護條件進一步提升了自動化兼容性。
相比之下，LPPS每步反應后均需分離純化中間體，操作繁瑣且難以標準化。雖然部分液相合成步驟可通過自動液體處理工作站輔助，但整體流程仍嚴重依賴人工判斷與操作，難以實現全流程自動化。因此，市面上絕大多數“多肽合成儀”均基于SPPS設計，LPPS更多依賴傳統玻璃儀器與手動操作。
SPPS采用過量試劑驅動反應完全，偶聯效率通常可達99%以上（理想條件下），特別適合中短鏈多肽（<50個氨基酸）的快速合成。但由于樹脂負載量有限，單次合成規模受限，放大生產需增加樹脂用量或并行多通道。
LPPS在每步反應后可對中間體進行精確純化與表征，副產物被有效去除，最終產物純度往往更高，更適合長肽或結構復雜多肽（如含多個二硫鍵、非天然氨基酸）的合成。然而，每步收率若為95%，合成30肽的總收率將降至約21%，效率顯著低于SPPS。
SPPS需使用大量溶劑（如DMF、DCM）進行反復沖洗，且氨基酸和活化劑通常以5–10倍過量加入，試劑消耗大、廢液處理成本高。但其節省了中間純化所需的色譜填料、溶劑及人力成本。
LPPS雖試劑用量相對較少，但每步純化所需的時間、材料（如硅膠、HPLC柱）及分析檢測成本累積后，總體成本未必更低，尤其在合成較長序列時更為明顯。
SPPS因中間體始終固定在樹脂上，無法實時監測反應進度，偶聯不完全易導致缺失序列雜質（deletion sequences）。此外，長時間酸處理可能引發側鏈副反應（如tBu脫除不完全、Trp氧化）。
LPPS的優勢在于每步中間體均可通過NMR、MS、HPLC確認結構與純度，便于及時修正錯誤，減少累積誤差。對于高價值、高純度要求的多肽（如臨床用API），LPPS仍是不可替代的選擇。
| 維度 | 固相合成（SPPS） | 液相合成（LPPS） |
|---|---|---|
| 肽鏈長度 | 適合2–50個氨基酸 | 可合成超長肽（>50 aa）或片段縮合 |
| 合成速度 | 快（數小時至數天） | 慢（數天至數周） |
| 自動化程度 | 高，依賴多肽合成儀 | 低，主要靠人工操作 |
| 產物純度 | 中等，需后期HPLC純化 | 高，中間體可逐級純化 |
| 產業化適配性 | 適合研發與中小批量生產 | 適合高純度API或特殊結構定制 |
| 典型應用 | 藥物篩選庫、抗原肽、診斷試劑 | 長效多肽藥物、復雜環肽、同位素標記 |
當前市售“多肽合成儀”幾乎全部基于SPPS架構，涵蓋研究型、中試型到GMP級生產系統，功能日益智能化（如溫控、在線監測、溶劑回收）。而LPPS缺乏專用集成設備，多依賴自動液體處理平臺（如Hamilton、Tecan）輔助加樣，但無法替代關鍵的分離純化步驟。
值得注意的是，片段縮合法（Convergent Synthesis）正成為融合兩者優勢的新趨勢：先用SPPS快速合成多個短肽片段，再在液相中進行片段偶聯。
固相合成與液相合成并非簡單的“先進 vs. 落后”關系，而是互補共存的技術路徑。SPPS憑借自動化與高通量優勢，成為多肽合成儀的主流技術，支撐了現代多肽藥物研發的高速迭代；而LPPS以其對復雜結構的精準控制能力，在高端定制與長肽合成中保有重要的地位。未來，隨著微流控、連續流反應器及AI輔助合成規劃的發展，兩種路徑或將進一步融合，推動多肽合成向更高效、更綠色、更智能的方向演進。